Muškátový oříšek koření svou sladkou pálivou ostrostí značné množství rozličných jídel. Aromatizuje nápoje, především koktejly, zeleninové šťávy, mléčné nápoje, svařené víno, punč apod. Je vhodný do zeleniny – ochucuje např. květák, špenát, mrkev, slané rýžové pokrmy, zeleninové polévky, ryby apod. Špetka muškátového oříšku patří také do vánočního pečiva, lívanců, ovocných dortů a kompotu. Není vhodný pro malé děti.